"didiklah orang muda menurut jalan yang patut baginya, maka pada masa tuanya pun ia tidak akan menyimpang dari pada jalan itu" - Amsal 22 : 6

Dari kesaksian firman Tuhan ini mengartikan bahwa pendidikan adalah mandat dari Sang Pencipta kepada orang tua/dewasa agar  mengupayakan setiap anak untuk bertumbuh dan berkembang sesuai dengan potensi diri/talenta yang dimilikinya.

SMA Kristen 2 Tomohon sebagai sekolah Binaan Khusus memberikan pendidikan yang memfokuskan program pendidikan khusus pada peserta didik yang memiliki potensi kecerdasan dan bakat istimewa yang mengacu pada pasal 32 UU No 20 Tahun 2003 yang menegaskan tentang pendidikan khusus.

Sejalan  dengan  itu  pula  maka  sebagai  suatu  satuan pendidikan yang diselenggarakan oleh Gereja Masehi Injili di Minahasa melalui Yayasan GMIM Ds. AZR Wenas, SMA Kristen 2 (BINSUS) Tomohon merasa terpanggil untuk meneruskan misi pelayanan di bidang pendidikan sebagaimana sudah dirintis oleh Riedel dan Schwarz.

SMA Kristen 2 (BINSUS) Tomohon dulunya bernama SMU Kristen Model, dan merupakan kelas Binaan Khusus (Binsus) dari SMU Kristen Tomohon (sekarang SMA Kristen 1 Tomohon), yang didirikan berdasarkan Surat Keputusan Sidang Badan Pekerja Sinode Lengkap (SBPSL) GMIM ke-71 di Tenga tanggal 30 Maret - 2 April 1993 tentang Program Umum dan ABP GMIM 1993-1994, Bab I butir c. nomor 6.1.1. Dalam permulaan Tahun Ajaran 1993-1994, YPPK-GMIM memberikan gedung bekas SMKK Kristen Tomohon yang terletak di samping barat lokasi SMU Kristen Tomohon. Kegiatan belajar mengajar dan administrasi SMU Kristen Model ditangani oleh SMU Kristen Tomohon.

Akhirnya, berdasarkan Keputusan Rapat Badan Pekerja Sinode Lengkap GMIM ke-15 Tahun 2002 di Jemaat "Torsina" Tumumpa Wilayah Manado Utara III, maka Kelas Binaan Khusus pada SMU Kristen Tomohon, ditingkatkan/dimekarkan menjadi institusi yang berdiri sendiri menjadi SMA Kristen 2 "Binaan Khusus" Tomohon, dan SMU Kristen Tomohon berganti nama menjadi SMA Kristen 1 Tomohon.